Caso ao emitir um boleto não esteja sugerindo o perfil que deseja, conforme o exemplo abaixo:

Boletos > Emissão

Para que seja seguido uma preferência acesse:

Módulo Opções > Configurações > Configuração para emitir boletos > Selecionar o perfil de boleto preferencial. 

O conteúdo informado no campo "Proprietário da conta" será o beneficiário indicado nos arquivos do banco. Já o conteúdo informado no campo "Beneficiário" será o beneficiário exibido no layout do boleto emitido.

Ao marcar a opção “Sugerir esta configuração e permitir alteração no momento da emissão” a configuração acima será sugerida, mas poderá ser alterada ao “Visualizar e emitir boleto". 

Se esta opção estiver demarcada, a configuração não será exibida no momento da emissão e todos os boletos serão emitidos de acordo com os dados desta configuração.